Mamíferos
Entre las especies de interés para la conservación se encuentran el oso bandera (Myrmecophaga tridactyla), el jaguar (Panthera onca), el puma (Puma concolor), el tapir o anta (Tapirus terrestris), el huaso (Mazama americana) y el chancho de monte (Tayassu tajacu).
Aves
Entre las aves se han reportado 156 especies de aves, entre las especies más características destacan Penelope obscura (pava), Ramphastos toco (tucán), Pionus maximiliani (loro opa), Amazona aestiva (loro hablador, naranjero) y Vultur gryphus (cóndor).
Reptiles y Anfibios
Se han identificado 52 especies de anfibios y reptiles, 1 especie nueva Clecia sp. nov. y se tiene 6 especies sin identificar. Entre los más característicos se encuentran el Micrurus annellatus (coral), Hyla albonigra (rana), la lagartija, Rhinella spinulosa (sapo), Crotalus durissus (cascabel) y Tupinambis teguixin (iguana).
Peces
Entre las especies de peces se pueden nombrar a la Hemibricon sp. (sardina), Hypostomus sp. (churuma), Prochilodus lineatus (sábalo), Pseudoplatystoma sp. (surubi) y Pimelodus sp. (pez k’ala).
Y las vizcachas Lagidium viscacia que se distribuyen en diversas zonas de roquedales y quebradas, en el Desierto de Siloli, Laguna Colorada y Laguna Totoral.
Fauna de vertebrados registrados en el PN ANMI Serranía del Iñao
| VERTEBRADOS | No REGISTRADO |
| Mamíferos | 41 |
| Aves | 156 |
| Reptiles | 35 |
| Anfibios | 13 |
| Peces | 11 |
| TOTAL | 256 |
Especies amenazadas
Las Categorías de amenaza están en base a Especies Amenazadas de la Flora de Bolivia (Beck y Meneses, 2005)
| ESPECIE | NOMBRE COMÚN | CITES | CATEGORIA DE AMENAZA |
| MAMÍFEROS | Tremarctos ornatus | Jucumari | VU |
| Tapirus terrestris | anta | VU | |
| AVES | Ara rubrogenys | Paraba frente roja | CR |
FUENTE : Elaboracion propia SERNAP, 2001
Las Categorías de amenaza están en base al Libro Rojo de Fauna Silvestre de Vertebrados de Bolivia (MMAy A, 2009)
Apéndices de CITES, 2013
