Fauna

 Mamíferos

Entre los mamíferos se destaca el jaguar (Panthera onca), la londra (Pteronura brasiliensis), el marimono (Ateles paniscus), el pejichi (Priodontes maximus), el manechi (Alouatta seniculus). Existen reportes de la presencia del jucumari (Tremarctos ornatus) en las serranías altas de Muchanes.

Aves

Entre las aves se destacan el pato negro (Cairina moschata), la harpía (Harpia harpyja) y Ara militaris., además de algunas otras como Laniisoma elegans, Neochen cubata, Simoxenops striatus, Myrmotherula grise, Hemitriccus rufigularis y Steatornis caripensis. El área es importante, en terminos de presencia y conservación de aves en general, pero específicamente de loros (Familia Psitacidaes) y tangaras (Familia Thraupinae) por su gran cantidad de especies que encuentran presentes y se distribuyen en su interior.  Asimismo, existen numerosas especies de aves pequeñas en estado de amenaza, como Terenura sharpei y Ampelion rufaxilla.

Reptiles

Entre los reptiles se pueden mencionar algunas especies que destacan, entre ellas algunas especies de tortugas (Podocnenis unifilis y Podocnemis expansa), algunas especies de caimán (Caiman yacaré, Melanosuchus niger). Algunas otros especies registradas son Boa constrictor, Corallus caninus, Epicrates cenchria, Iguana iguana, Lachesis muta y Tupinambis cf. Teguixin.

Anfibios

Las especies encontradas pertenecen a seis familias de anfibios: Bufonidae, Leptodactylidae, Dendrobatidae, Hylidae, Pipidae y Ranidae. La mayoría de los anfibios registrados pertenecen a la familia Leptodactylidae que habita en el bosque. La especie de la familia Centrolenidae (Cochranella sp.) es un nuevo registro para Bolivia. La familia de anfibios que pertenece a los Dendrobatidae presenta sapos muy coloridos y venenosos.

 Peces

Se destacan varias de las especies de peces de sistemas torrentícolas de aguas claras, como Hemibrycon sp., Ancistrus sp., Trichomycterus sp, pero también se encuentran muchas especies características de la llanura beniana como Colossoma macropomum, Pseudoplatystoma fasciatum, Brachyplatystoma filamentosum, Phractocephalus hemioliopterus, Salminus maxillosus, Zungaro zungaro.  Algunas otras especies de peces encontradas son Characidium sp., Moenkhausia sp., Pimelodella sp., Farlowella sp., Corydoras aeneus y Sourubim lima.