De acuerdo a la propuesta de Plan de Manejo, fueron registradas 436 especies de plantas, de las cuales 197 se encuentran documentadas a través de colectas, aunque falta determinarse taxonómicamente.
Son característicos de los bosques de tierra firme la castaña (Bertholletia excelsa), el isigo (Tetragastris altissima), el pacay (Inga ingoides), el ochoó (Hura crepitans), el arrayán (Eugenia florida), el mapajo (Ceiba pentandra), el almendrillo amarillo (Apuleia leiocarpa),
el coquino (Pouteria macrophylla), la goma (Hevea brasilienis), el toco (Parkia pendula), el mara macho (Cedrelinga catenaeformis), el miso amarillo (Couratari guianensis). Entre las palmas se encuentra la palma real (Mauritia flexuosa), varias especies de chonta (Astrocaryum spp.), el majo (Jessenia bataua), el marfil vegetal (Phytelephas macrocarpa), el motacú (Scheelea princeps) y el asaí (Euterpe precatoria).
En el complejo de vegetación acuática de aguas negras, claras y mixtas y Bosque bajo sucesional antropogénico (Barbechos) son comunes comunidades del Palo balsa (Ochroma pyramidale) y Ambaibo negro (Cecropia sciadophylla). (Fuente: SERNAP, 2001).
