Asimismo, en todo el área protegida destacan algunas especies prominentes como la queñua (Polylepis racemosa triacontranda), incluyendo una especie nueva para la ciencia, la huaycha (Weinmannia microphylla), los iotavio (Weinmannia boliviensis y W. crassifolia), el nogal (Juglans boliviana), el yuraj huaycha (Miconia theaezans), los pinos de monte (Podocarpus spp.), la coca silvestre (Eugenia sp.), el aliso (Alnus acuminata), la chachacoma (Escallonia myrtilloides), las yarumas (Hesperomeles ferruginea y H. lanuginosa), el aliso colorado (Myrica pubescens), el arrayán (Randia boliviana), el limachu (Myrsine coriacea), el sauco (Sambucus peruviana), los laureles (Ocotea spp. y Nectandra spp.), el coloradillo del monte (Byrsonima indorum), la quina (Cinchona officinalis), el isigo (Tetragastris altissima), la bilka (Anadenanthera colubrina), el bibosi (Ficus spp.), el guitarrero (Didymopanax morototoni) y el bizcochelo (Miconia multiflora).
También existen numerosas especies maderables como la mara (Swietenia macrophylla), el cedro (Cedrela odorata), el palo maría (Calophyllum brasiliense) y el ochoó (Hura crepitans) y otras de no maderables pero de importancia económica como por ejemplo la Castaña (Bertholletia excelsa) y el incienso (Clusia pachamamae). Además, el Área presenta una gran diversidad de palmas, entre las cuales se puede mencionar: Ceroxylon pityrophyllum (como muy rara), las jatatas (Geonoma megalospatha, G. lindeniana y G. deversa), la pachiuva (Socratea exorrhiza), la copa (Iriartea deltoidea), el motacú (Scheelea princeps), varias chontas (Astrocaryum spp.), la palma marfil (Phytelephas macrocarpa), el icho (Dictyocaryum lamarckianum), el asaí (Euterpe precatoria) y la palma real (Mauritia flexuosa).
