Entre las especies más características del área protegida se encuentran: Escallonia tucumanensis, Mimosa lepidota (achalata), los bosques de pino de monte, Myrtaceas, para este último se han reportado 76 especies de musgos. Para afloramientos rocosos y arbustos se observan Polylepis y Alnus (aliso).
En la ceja de monte, en áreas abiertas como boscosas, existe una variedad de bromelias, gramíneas, Prunus tucumanensis (laurel rojo) y Chusquea spp. En las quebradas. En las proximidades del cerro Botija en alturas mayores a 2.400 m se encuentran especies como Podocarpus parlatorei, Myrcianthes mato, Myrciantes pseudomato (arrayanes). Sobre la serranía del Iñao existen ejemplares de Podocarpus parlatorei y Prunus tucumanensis.
También se han registrado especies propias de la Chiquitanía como Samanea tubulosa, Platypodium elegans, Sterculia striata y Chloroleucon foliosum.
Especies de flora por grupo taxonómico
| TAXÓN | Nº DE FAMILIAS | Nº DE GÉNEROS | Nº DE ESPECIES |
| Dicotiledonae | 95 | 268 | 472 |
| Monocotiledonae | 10 | 30 | 39 |
| Gimnospermae | 1 | 1 | 1 |
| Pteridófitos | 20 | 41 | 132 |
| Total | 126 | 340 | 644 |
Fuente: PN y ANMI Iñao
