Fauna

Mamíferos

 Entre los mamíferos se destaca el oso de anteojos (Tremarctos ornatus), el puma (Puma concolor), el gato andino o de pajonal o titi (Leopardus jacobita), el monte k’uchi o chancho de monte (Tayassu tajacu) y la urina (Mazama gouazoubira).

Aves

 Entre las aves se destacan Tyrannidae, Columbidae, Furnariidae y Psittacidae. Las especies más representativas son el cóndor (Vultur gryphus), la pava de monte (Penelope dabbenei), la picua (Piaya cayana), los pájaros carpinteros y algunas especies de la familia Psittacidae como la Paraba Frente Roja o Kaka loro (Ara rubrogenys), loro palmareño (Myiopsitta monachus), entre los más representativos.

Reptiles

 Entre los reptiles se pueden mencionar algunas especies que destacan, entre ellas algunas especies de serpientes como Crotalus durissus y Waglerophis merremii y algunas especies de lagartijas como Tupinambis rufescens, Cnemydophorus cf. Ocellifer sp.

 Anfibios

Las especies encontradas pertenecen a las familias Hylidae y Leptodactylidae, entre algunas especies que destacan están Hyla andina, Pleurodema cinereum y Leptodactylus spp.

Peces

El grupo de peces es el menos registrado entre la fauna de vertebrados del AP, solamente se ha registrado una especie del pez gato del género Trichomycterus.Laguna Colorada y Laguna Totoral.