La vegetación más característica en esta región son los bosquecillos de queñuas (Polylepis tarapacana) y yaretales (Azorella compacta), que son especies que tienen el grado de amenazadas.
Los queñuales relictuales se encuentran incluso por encima de los 4.800 msnm., están localizados en enclaves microclimáticos como las zonas rocosas con exposición Norte, Este y Noreste, registrados en las serranías circundantes a la laguna Mama Khumu y en los faldíos bajos del volcán Uturuncu.
Los yaretales se encuentran en las zonas de serranías y roquedales en el tramo de las Lagunas Kollpa, Totoral y Kalina; también se observan al oeste de la Reserva en la frontera con Chile en las serranías de Polques, Chalviri y en el cerro de Laguna Hedionda.
Los matorrales xeromorfos mixto con especies como Polylepis tarapacana, Fabiana bryoides, Baccharis incarum, Cherdosoma jodopappa y cojines de Azorella compacta, mayormente localizados en microclimas rocosos localizados.También existe matorrales xeromorfos edafófilos de tholas (Parastrephia phylicaeformis) propiamente en zonas relativamente extensas.
Los tholares están ubicados en la zona noreste en la parte del valle del río Quetena. Existen varias especies de tholas: Qhiru thola Parastrephia lepidophyla, Lejia thola Baccharis incarum, Koa thola Fabiana squamata, que son especies que están amenazadas por la extracción doméstica y comercial.
En lo referente a bofedales están distribuidas en la mayor parte de los bordes de lagunas y ríos de curso lento, el más importante es el de Quetena Grande por su amplia superficie a lo largo del río Quetena, es el que se encuentra en mejor estado de conservación; dominados por Oxychloe andina y Puccinella frígida.
Los pajonales cespitosos o empenachado con predominio de Stipa frigida, Festuca orthophylla y Senecio puchii. Y pajonales higrófilos en zonas menos drenadas de la llanura y en transición a bofedales, formado por Deyeuxia curvula y Werneria pomposa.
Y las comunidades acuáticas de aguas muy someras, en la periferie de charcas, lagunas y arroyos de curso muy lento, anegaciones de pocos centímetros de aguas mineralizadas (Ranunculus unifloris y Lilaeopsis macloviana). Y comunidades en aguas más profundas, estancadas o levemente fluyentes, por ejemplo en los cursos fluviales dentro del bofedal (con Myriophyllum quitensis y Potamogeton filiformis).
