Fauna

Entre la fauna representativa se destacan: yacaré (Caiman yacare), la londra (Pteronura brasiliensis), las Tortugas de tierra (Geochelone carbonaria y G. denticulata), el sicurí (Eunectes notaeus), el boyé (Boa constrictor), el cascabel de chonono (Crotalus durissus), el ciervo de los pantanos (Blastocerus dichotomus), la gama o ciervo de las pampas (Ozotoceros bezoarticus), el manechi (Alouatta caraya), el pecarí (Tayassu pecari) y el taitetú (Tayassu tajacu), también se ha reportado la presencia de tigres o jaguares (Panthera onca),  el borochi (Chrysocyon brachyurus), el ocelote (Leopardus pardalis), el anta (Tapirus terrestris), el huaso (Mazama americana), la urina (Mazama gouazoubira), el jochi calucha (Dasyprocta punctata), el jochi pintado (Cuniculus paca), el pejichi (Priodontes maximus), el tatú (Dasypus novencinctus), el piyo (Rhea americana), la paraba azul (Anodorhynchus hyacinthinus), el bato (Jabiru mycteria), la pava mutún (Mitu tuberosa), el águila harpía (Harpia harpyja), el martín pescador (Chloroceryle amazona), el cardenal (Paroaria coronata) y el águila negra (Buteogallus urubitinga). De todas estas especies, la paraba azul ha sido elegida como símbolo empblemático del área y la región.

A partir de diferentes unidades de vegetación y de acuerdo al rango altitudinal las especies varían, registrando 619 especies.

En sus transiciones hacia el Bosque Seco Chiquitano y el Cerrado únicos en el ANMI San Matías se encuentran lugares fundamentales para la supervivencia de especies de fauna en peligro de extinción o vulnerables y para muchas poblaciones de aves y peces migratorios.