Fauna

Mamíferos

Se destaca el jucumari u oso de anteojos (Tremarctos ornatus), el gato andino o titi (Leopardus jacobita), la taruca o venado andino (Hippocamelus antisensis), el venado de cola blanca o ciervo (Odocoileus virginianus), el puma (Puma concolor), el jaguar (Panthera onca), habiéndose reportado además variedades melánicas, el tigrecillo (Felis pardalis), el tropero (Tayassu pecari albirostris), el ciervo de los pantanos (Odocoileus dichotomus), la londra (Pteronura brasiliensis), el marimono (Ateles paniscus), el manechi (Alouatta seniculus) y varias especies de la familia Callitrichidae.

Aves

Entre las aves se destacan Anairetes alpinus de la familia Tyrannidae, el águila crestuda (Oroaetus isidori), el tunqui (Rupicola peruviana), la harpía (Harpia harpyja), los colibríes endémicos (Oreotrochilus adela y Aglaeactis pamela) y varias especies de aves pequeñas amenazadas como Grallaria erythrotis, que es endémica de la región, Lepthastenura yanacensis, Asthenes urubambensis, Tangara ruficervix y Hemispingus trifasciatus.

Reptiles

Entre los reptiles se pueden mencionar algunas especies que destacan, entre ellas algunas especies de caimán (Caiman yacaré, Melanosuchus niger) algunas especies de tortugas (Podocnenis unifilis y Podocnemis expansa). Algunas otros especies registradas son Stenocercus roseiventris, Amphisbaena slateri, Crotalus durissus, Kentropyx altamazonica, Lachesis muta, Mabuya nigropalmata, Prionodactylus argulus y Tropidurus umbra. Asimismo algunos de los géneros más representativos son Amphisbaena, Atractus, Bothrops, Corallus, Chelonoidis, Chironius y Paleosuchus.

Anfibios

Respeto a los anfibios es complejo poder destacar algunas, debido a que la distribución de especies de anfibios está muy relacionada a la altitud. Sin embargo de manera general se pueden mencionar algunas especies y géneros prominentes, entre ellos Gastrotheca marsupiata, Phrynopus laplacai y Pleurodema cinereum, Eleutherodactylus, Leptodactylus, Hyla, Osteocephalus y Phyllomedusa y Bufo sp. Se han registrado tres especies endémicas que son Rhinella tacana, Oreobates sanderi y Oreboates madidi. Los recientes estudios realizados por el Proyecto Identidad Madidi han registrado una nueva especie de rana para la ciencia.

Peces

Entre los peces más representativos están las especies de Prochilodus nigricans (sábalo), Agoniates anchovia, Salminus brasiliensis, Chupeacharax anchoveoides, Paragoniates alburnus, plagioscion aquamosissimus y Monocirrhus polyacanthus. También están presentes algunas otras especies de interés comercial que tiene funciones migratorias como el Sabalo (Prochilodus nigricans) el bagre (Zungaro zungaro) y el surubi (Pseudoplatystoma spp.)