Fauna

Peces

Las especies de peces nativos característicos en ríos y arroyos son Orestias Agassi, Orestias sp. y Trichomicterus sp.

Anfibios

Entre las especies de anfibios están Pleurodema sp. y Telmatobius huayra y Telmatobius sp.

Reptiles

Entre los reptiles se encuentran las lagartijas Liolaemus signifer, Liolaemus alticolor y la serpiente Tachymenis peruviana.

Aves

La totalidad de especies de aves que protege la Reserva constituye aproximadamente un 95 % de la riqueza aviar de todo el sudoccidente potosino. Se destaca la variedad y belleza de las aves acuáticas (Plan de Manejo de la Reserva Nacional de Fauna Andina Eduardo Avaroa, 2006).

Entre las aves más representativas están las diferentes especies de flamencos que son elementos emblemáticos de la biodiversidad del área protegida como: Phoenicoparrus andinus, presente en la Laguna Colorada  pero la mayor concentración de especies se han observado en la Laguna Katalcito y Laguna Kastor, Phoenicoparrus jamesi  se presentan en menos cantidad y fueron observados principalmente en las lagunas Katalcito y la Hedionda y Phoenicopterus chilensis de las tres especies de flamencos es la menos abundante observados en la Laguna Colorada.

En la Laguna Totoral se registran a la choka gigante Fulica gigantea, soca cornuda Fulica cornuta, maca plateado Podiceps occipitalis, entre los Anatidos (patos) se han registrado tres especies Anas flavirostris, Anas georgica y Anas puna, avoceta Recurvirostra andina, Himantopus mexicanus, Tringa flavipes, Charadrius alticola, Phegornis mitchelli y otras especies migratorias provenientes del hemisferio Norte. Otra especie observado en los bofedales es la huallata Chloephaga melanoptera.

Entre las terretres están la perdiz Tinamotis pentlandi, registrados en varios lugares de la Reserva, el suri Rhea pennata ocasionalmente ha sido observado en los arenales próximos a las lagunas y el cóndor (Vultur gryphus) observado en las partes altas.

Mamíferos

Entre los mamíferos destacan  la vicuña (Vicugna vicugna), camélido silvestre típico de la zona andina apreciada y amenazada por la calidad de su fibra, observados en pequeños grupos especialmente en el desierto de Siloli, por la Laguna Colorada, Abra de Puripica, Laguna Hedionda y cerca de la Laguna Totoral. Otro mamífero que ya no se observa es la taruca (Hippocamelus antisensis).

Entre los carnívoros están el gato andino Leopardus jacobita ha sido reportado por el sector de la Laguna Verde y al este de la Reserva), el gato de las pampas Leopardus colocolo, el puma (Puma concolor) y zorros Lycalopex culpaeus.

Y las vizcachas Lagidium viscacia que se distribuyen en diversas zonas de roquedales y quebradas, en el Desierto de Siloli, Laguna Colorada y Laguna Totoral.