Mamíferos
Existen 85 especies de mamíferos, entre los más representativos están 7 de felinos de los cuales un total de 15 son carnívoros. El grupo más numeroso es el de murciélagos con 21 especies, 6 especies de mamíferos del Ap están incluidas en CITES I (cinco carnívoros y un cérvido), mientras que 9 especies están en CITES II.
Destacan el jucumari (Tremarctos ornatus), el marimono (Ateles paniscus), el puma (Puma concolor), el tigresillo (Felis tigrina), la taruca o venado andino (Hippocamelus antisensis), el chancho de monte (Tayassu tajacu), la pacarana (Dinomys branickii) y el jochi colorado (Dasyprocta punctata), entre otros.
Aves
Existen 455 especies que constituyen el grupo más rico en vertebrados: 8 son psitácidos, 21 rapaces diurnas y 8 rapaces nocturnas, además una especie endémica de Bolivia (Grallaria erythrothis). En CITES I aparece el Vultur gryphus, en CITES II dos Falconiformes (Aves rapaces); el tunqui; 11 colibríes (Trochilidae), un strigiforme (Otus albogularis) y cinco loros (Psitacidae).
Entre las más representativas el tunqui (Rupicola peruviana), el águila de montaña (Oroaetus isidori), el guácharo (Steatornis caripensis), la pava de monte (Penelope montagnii) y la pavita (Chamaepetes goudoutii). También destacan especies de aves endémicas (Grallaria erythrotis, Schizoeaca harterti, Aglaeactis pamela, Myrmotherula grisea y Hemitriccus spodiops), la especie Anairetes alpinus, altamente amenazada, de la familia Tyrannidae, así como Cinclodes aricomae de la familia Furnariidae asociados a bosques de keñua.
Reptiles y Anfibios
Se han registrado 29 especies de reptiles, de las cuales 20 corresponden a serpientes, cinco de ellas venenosas. Las especies más representativas son la Ameiva ameiva, y la Liolaemus signifer. Existen también registradas ocho especies de lagartijas y un anfisbaénido (“cutuchi”).
En anfibios se han encontrado 27 especies, una de ellas Phrynpus laplacai es endémica del área protegida, por su belleza y potencial como especies ornamentales, podemos citar a Phyllomedusa boliviana, Hyalobatrachium bergeri e Hyla pulchella.
Peces
Existen 11 especies de peces registradas, una de ellas la trucha (Oncorhynchus mykkis), es introducida y se cree que otra ya está extinta (Prochilodus labeo).
Especies amenazadas
Las Categorías de amenaza están en base a Especies Amenazadas de la Flora de Bolivia (Beck y Meneses, 2005)
| GRUPO | ESPECIE | NOMBRE COMÚN | CATEGORIA DE AMENAZA |
| Leopardos jacobita | Gato andino | CR | |
| Hippocamelus antisensis | Taruca | EN | |
| Ateles chamek | Marimono | VU | |
| Leopardos colocolo | Gato de las pampas | VU | |
| Mamíferos | Mazama chunyi | Chuñi | VU |
| Tremarctos ornatus | Jucumari | VU | |
| Gracilinanus aceramarcae | Comadreja grácil de Aceramarca | VU | |
| Marmosops creigtoni | No tiene | VU | |
| Cinclodes Aricomae | Remolinera real | CR | |
| Anairetes alpinus | Cachudito Pechicenizo | EN | |
| Asthenes urubambesis | Canastero frentirayada | EN | |
| Cnemarchus erythropygius | EN | ||
| Aves | Harpyhalilaetus coronatus | Aguila coronada | EN |
| Chamaepetes gouditii | Pava Maraquera – Pava Ala de Hoz | VU | |
| Grallaria andecolues | Tororoí Andino | VU | |
| Lipaugus uropygialis | Siringuero Andino | VU | |
| Spizaetus Isidoro | Aguila Poma – Aguila Crestada | VU | |
| Pristimastis bisignatus | EN | ||
| Telmotobius bolivianus | EN | ||
| Anfibios | Hylocirtus ornatus | VU | |
| Oreobates sanderi | VU | ||
| Psychrophrynella wettsteini | VU | ||
| Telmatobius marmoartus | VU |
FUENTE : Elaboracion propia SERNAP, 2001
Las Categorías de amenaza están en base al Libro Rojo de Fauna Silvestre de Vertebrados de Bolivia (MMAy A, 2009)
Apéndices de CITES, 2013
