En 1998, el gobierno de Bolivia establece mediante DS. 25158 las normas de organización y funcionamiento del SERNAP como Autoridad Nacional de Áreas Protegidas.
De esta manera, se establece como misión institucional la de “coordinar el funcionamiento del SNAP, garantizando la gestión integral de las áreas protegidas de interés nacional, a efectos de conservar la diversidad biológica, en el área de su competencia” (Art. 3, DS 25158).