Se estima que podría existir entre unas 4.000 a 5.000 especies de plantas, sin embargo no existe muchas estudios realizados al interior del área protegida, se cuenta con un registro de aproximadamente 3.000 especies. Dentro de esta gran cantidad de especies, existe la presencia de extensas manchas de helechos arbóreos gigantes en los bosques nublados (Cyathea sp., Alsophila sp.), una gran variedad de palmeras como la pachiuva (Socratea exorrhiza), el asaí (Euterpe precatoria) y la palma (Dictyocaryun lamarckianun), palma bendita (Ceroxylon sp. c.parvum.). Existencia de varias especies de cactus endémicos como Cereus colosseus, de orquídeas y bromelias y de especies arbóreas económicamente importantes como es el caso de la mara (Swietenia macrophylla), el tajibo (Tabebuia sp.), el cedro (Cedrela sp.), pinos de monte (Podocarpus spp.), nogal (Juglans boliviana).
