El bosque Tucumano – Boliviano y el Bosque Serrano Chaqueño se halla claramente representados en diferentes zonas del área protegida. El primer ecosistema se caracteriza por un bosque semi-siempre verde en el que se encuentran especies típicas de Yungas, ecosistema muy rico en Lauraceae y Myrtaceae.
Existen especies típicas de la provincia biogeográfica Chaqueña por ejemplo: el horco quebracho (Schinopsis haenkeana), el quebracho colorado (Aspidosperma quebracho colorado), el quebracho blanco (Aspidosperma quebracho blanco), el urundel (Astronium urundeuva), el roble (Amburana cearensis), el cebil (Anadenanthera colubrina), el toborochi (Chorisia insignis), el Prosopis sp. y varias especies de cactaceae, como Opuntia spp., Cereus spp. y Pereskia spp (SERNAP, 2001).
Entre las especies de flora más representativas están el pino de monte (Podocarpus parlatorei), el barroso (Blepharocalyx salicifolius), la guayabilla (Myrcianthes pseudo-mato), el cedro (Cedrela lilloi), el nogal (Juglans australis), el sauco (Zanthoxylum coco), varias especies de laurel (Phoebe porphyria, Ocotea ouberula y Nectandra sp.), el arbolillo (Viburnum seemannii) y la caña brava (Chusquea lorenziana).
