Mamíferos
Las especies más representativas de mamíferos son el quirquincho bola (Tolypeutes matacus), el peludo (Euphractus sexcinctus), la mulita (Dasypus novemcinctus), el chancho de monte (Tayassu pecari), el pecarí de collar (Pecari tajacu) el oso melero (Tamandua tetradactyla), y el oso bandera (Myrmecophaga tridactyla) (SERNAP, 2001).
Aves
Entre las aves que se encuentran surcando los aires de la serranía del Aguarague están los jotes (Cathartes aura), el águila coronada (Harpyhaliaetus coronatus) y el majestuoso cóndor (Vultur gryphus), también son representativos los loros (Amazona aestiva), paloma (Columbina picui), tucán (Ramphastos toco) y las pavas (Penelope sp.).
Reptiles
Entre los reptiles más representativos está el peni del chaco (Tupinambis teguixin), la cascabel (Crotalus durissus) y la coral (Micrurus annellatus).
Anfibios
En los cuerpos de agua los anfibios más comunes son: los sapos (Rhinella paracnemis y R. spinulosa) y ranas (Hyla albonigrata y H. marianitense).
Peces
Entre los peces más importantes de alimentación están el sábalo (Prochilodus lineatus) y el dorado (Salminus maxillosus), en las quebradas se encuentran peces del género Trichomycterus.
Especies amenazadas
Las Categorías de amenaza están en base a Especies Amenazadas de la Flora de Bolivia (Beck y Meneses, 2005)
| GRUPO | ESPECIE | NOMBRE COMÚN | CATEGORIA DE AMENAZA |
| Panthera onca | tigre, jaguar | VU | |
| Mamíferos | Tapirus terrestris | anta | VU |
| Tolypeutes matacus | tatú bola | vu | |
| Tremarcotos ornatus | juka | vu | |
| Aves | Harpyhaliaetus coronatus | águila coronada | EN |
| Vultur gryphus | cóndor | VU | |
| Peces | Acrobrycon tarijae | mojarra | VU |
FUENTE : Elaboracion propia SERNAP, 2001
Las Categorías de amenaza están en base al Libro Rojo de Fauna Silvestre de Vertebrados de Bolivia (MMAy A, 2009)
Apéndices de CITES, 2013
